药剂不能发挥应有的缓蚀阻垢效能。缓蚀剂是靠在金属表面形成保护膜而起到缓蚀作用的。但生物黏泥一旦形成，则粘在金属表面上，使缓蚀剂难以在金属表面上成膜，这就等于缓蚀剂失效或部分失效。

同时菌藻的新陈代谢活动能使缓蚀剂、阻垢剂发生分解，尤其是磷系药剂发生水解，造成药剂失效。

微生物不但能产生生物黏泥对设备造成隔热阻水作用，它们新陈代谢的过程中也会产生各种类型的酸，这些酸类都会形成垢下腐蚀。

在循环冷却水系统中，必须控制菌藻类微生物的生长繁殖，除了市场上杂七杂八的杀生剂之外，也可以使用环保无污染的物理扫频除垢设备。